1961 онд БНМАУ-ын (хуучнаар) Шинжлэх ухааны академи байгуулагдахад Байгалийн ухааны нэгдсэн хүрээлэнгийн бүрэлдэхүүнд ургамал судлалын тасгийг нээн ажиллуулсанаар Ботаникийн хүрээлэнгийн анхны эх үүсвэр тавигдсан юм. ШУА-ийн байгалийн ухааны нэгдсэн хүрээлэнгийн ургамал судлалын тасгийн суурин дээр БНМАУ-ын СнЗ-ийн 1973 оны 175-р, 1974 оны 2-р тогтоолоор ШУА-ийн Ботаникийн хүрээлэн үүсгэн байгуулагдав.
1974 онд Ботаникийн хүрээлэн Ургамлын ангилалзүй; Геоботаник; Ургамлын нөөц судлалын секторууд болон Ботаник цэцэрлэг гэсэн 4 нэгж бүтэцтэйгээр үйл ажиллагаагаа эхлүүлэв. 1974 онд тус хүрээлэнд нийт ажилтан 30 үүнээс академч нэг, дэд эрдэмтэн 5 байжээ. Ботаникийн хүрээлэнгийн захиралын албан тушаалын үүрэгт ажлыг гүйцэтгэж байсан эрдэмтийн он дарааллын хуудсыг сөхөж үзвэл: хүрээлэнгийн анхын захиралаар доктор Д.Банзрагч /1974-1979/ байв. Академч Н.Өлзийхутаг /1979-1985, 1988-1997/, доктор (Sc.D), профессор Г.Эрдэнэжав /1985-1987/, доктор (Sc.D) Х.Буян-Орших /1987-1988/, Академч Ч.Дугаржав /1999-2005/, доктор (Ph.D), дэд профессор И.Түвшинтогтох /2005-2010/ нар захиралаар тус тус ажилласан бөгөөд 2010 оноос академч Ч.Дугаржав томилгодон ажиллаж байна.
1976 оноос Ургамлын ангилалзүй; Ботаник-газарзүй; Геоботаник-ой судлал; Ургамлын нөөц судлал; Ургамлын физиологийн секторууд болон Ботаникийн цэцэрлэг гэсэн үндсэн 6 нэгжтэйгээр үйл ажиллагаагаа явуулж байв.
1981 оноос говийн ашигт ургамал тарималжуулах эрдэм шинжилгээ-үйлдвэрлэлийн станц (ГАУТЭШҮС) байгуулагдан 7 нэгж секторуудтай болов.
1984 онд нийт ажиллагсад 106 болж нэмэгдсэний дотор, эрдэм шинжилгээний ажилтан 51, туслах ажилтан 16, ботаникийн цэцэрлэгт 22 болон захиргаа аж ахуйн ажилтан 17 хүн байв. Эрдэм шинжилгээний ажилтны дотор академч 1, дэд эрдэмтэн 15 болж өргөжив.
1994 онд Ботаникийн хүрээлэн байгууладсаны 20 жилийн хугацаандаа Монгол орны ургамлын аймаг, ургамалжлын бүрдэл, бүтэц, хөгжил, хөдлөлзүй, биобүтээмжийн зүй тогтлыг тайлбарлаж, түүний биологи, генетизийн ресурсыг зөв зохистой ашиглах, хамгаалах онол, аргазүйн асуудлыг практик зорилттой нягт уялдаатайгаар тал бүрээс нь судалсан олон жилийн ажлын үр дүнгээ нэгтгэн дүгнэлээ. Үүнд, Монгол орны ургамлын аймгийн бүтэц, бүрэлдэхүүн хамаарагдах 2710 зүйл дээд цоргот ургамал, 930 зүйл хаг, 417 зүйл хөвд, 520 зүйл мөөг, 728 зүйл замаг, хөрсөнд амьдрагч 96 зүйл бактер, 60 зүйл актиномицет, 30 зүйл мөөг байдгийг тогтоон бүртгэсний дотор дэлхийн шинжлэх ухаанд 1 төрөл, 30 зүйл ургамлыг Монголоос шинээр нээж 140 гаруй зүйлийг өөрийн орны ургамлын аймагт шинээр бүртгэлээ.